أصدر صاحب السمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي، عضو المجلس الأعلى حاكم الفجيرة، المرسوم الأميري رقم 2 لسنة 2025 والقاضي بدمج جامعة الفجيرة وجامعة العلوم والتقنية تحت اسم "جامعة الفجيرة"، وذلك ضمن خطة تطويرية طويلة الأجل تدعم العملية التعليمية في الإمارة وتستوعب الطلاب في الاختصاصات العلمية والأدبية المختارة.

كما أصدر سموه مرسوما أميريا آخر بتسمية مجلس أمناء الجامعة برئاسة سمو الشيخ محمد بن حمد الشرقي، ولي عهد الفجيرة، وعضوية كل من معالي سعيد بن محمد الرقباني، والدكتور أحمد حسن المرشدي، والدكتور أحمد علي الخزيمي، والدكتور سليمان علي الكعبي، وعلي خلفان العنتلي، ويوسف راشد المرشودي، ومنى حسن المطيري، ومريم سعيد المطيري.  

وتضمن المرسوم الأميري تفاصيل المهام الأساسية لمجلس الأمناء لضمان استدامة الجامعة وتحقيق أهدافها الأكاديمية والإدارية والمالية، موضحا صلاحيات كل جهة من الجهات المساهمة في تنظيم عمل  الجامعة والتي ستشهد إطلاق كيان أكاديمي جديد يدعم سوق العمل ويوجه الخريجين صوب أفضل الممارسات المستقبلية لخياراتهم الدراسية.